女帝的急躁同样传染给了臣子们，以至于整个国家都心浮气躁。
我们并不能确切地得知皇帝在何时学会驾驭自己庞大的帝国，但年轻的孝宗的确是在第一场政治危机中就显现出过人的机智沉稳，那时她刚刚与自己日后的妻子坠入情网。
从法理上来说，孝宗对同性婚姻的提案无可厚非，因为按照惯例，她的性别也被登记成了男性。但是从帝国经受过的种种经验教训来看，孝宗无疑是主动让自己落入了与祖先一样的悲剧陷阱，鉴于她的年龄只有14岁，这使得几乎所有人都认为她的想法只是一时冲动。
所有人的一致反对对一个初涉世事的年青人来说是致命的，但孝宗却显得比常人都沉着老练得多。她首先以年少生育的高风险说服臣子，将成婚的时间明确地推迟到18岁之后，为自己赢得了缓冲时间；在提高人们对□□皇帝生平的关注和崇敬的同时，又开始收集关于“契兄弟契姐妹”（民间的一种实际上的同性婚姻缔结方式）的法律纷争，并把自己的一些支持者悄悄地安排在掌管婚礼的各个职位上。令人惊异的是，孝宗以一种灵活小心的方式控制着与大臣的正面交锋，即使所有人都明白暗流涌动，但政治上却平稳依旧，除了这件婚事以外，在政务的其他领域，大臣们依旧与皇帝合作愉快，皇帝的冷静克制甚至使一些官员开始抱有一种彼此妥协的想法，而不是不断抱怨那个“妖女”带坏了他们的学生。
孝宗选择的伴侣比孝宗年长7岁，是位很有才华的年轻女性。或许是想要离自己尊贵的情人更近些，她来到京城参加国家统一的女官考试，一心成为一个能干的官吏，却阴差阳错地卷入了一场政治阴谋——有一位极尊贵的亲王，也就是孝宗的亲生兄长，和孝宗发生了一点小小的争执。这场争执让这位心胸狭隘的亲王十分恼怒，为了报复孝宗，他下令向这位无辜的女官下毒。这种毒药在当时的帝国医学院里被认为是无药可救的。顾虑到孝宗的看法，女官悄悄地隐瞒了这一悲惨的事实，但最终还是为她所知。
在官方记载上，孝宗对这场不幸的处理十分克制。她按律判处自己哥哥终身□□，并送这位女官去西洋，希望西洋医术可以挽救爱人的生命。帝国的政事依旧有条不紊的进行，然而私底下，人们却都悄悄传说着皇帝的种种异状：皇帝如僧侣一样过着半苦修的生活，借此向神明祈祷爱人的平安，滴酒不沾，素食，每天抄写经书等等。有证据表明，当时孝宗的近臣和亲人们都十分确定的认为，如果不让她心灵有所寄托，那么皇帝无疑将会被心中的悲哀逼得崩溃。
鸾仪司的掌印（即负责人）和内阁首辅不约而同地感受到了孝宗这种不动声色逼近的威胁——一个早夭的皇帝或者一个发疯而出家的皇帝对帝国的不利。前者立刻选择支持皇帝一方，因为鸾仪司里的官员许多也是同性婚姻的支持者；后者最终也败下阵来，对臣子们为宽慰皇帝而做出的赞同立后的上奏睁一只眼闭一只眼，视而不见。
似乎很快皇帝就可以按照祖先的套路，进行一场惊世骇俗的婚礼。然而孝宗却在唾手可得的胜利面前后退了，她宣布国婚应该在光明正大的氛围下进行，召集各地的有名学者和相关官员，对帝国律法里婚姻与继承部分进行了一次彻底的讨论和修改，并发出布告征询所有人的意见。
这种善解人意的宽容和坦诚最终促成了彼此的和解，一切都在实事求是的氛围下进行，每一天人们的各种意见都被记录在邸报上，光明正大地发到全国各地。这场讨论持续了三个月的时间，最终修订后的帝国律法明确了同性婚姻的程序和相关的继承顺序，国婚在女官从西洋健康返回后隆重举行，使孝宗和大臣都皆大欢喜。
这种谨慎克制的博弈方式让人耳目一新，皇帝与大臣的关系被定义为合作者，而不是像玛丽三世那样，皇帝如同想要脱缰的野马，大臣们则手持皮鞭极力要给她装上笼头。考虑到整件事件彻底解决时，孝宗还只有18岁，不得不说，这位统治者似乎天生就具备了政治才能。
在这场讨论中涌现出许多有才华的人物，孝宗对自己的反对者和支持者一视同仁，将这些公认表现出色的人全部提拔进了帝国的顾问机构——翰林院。他们的存在使翰林院从史学和文学研究院渐渐演变成帝国的法律研究基地。孝宗似乎对修改帝国法律有着浓厚的兴趣，她主动地发起制订《商律》——帝国第一部商业法，并规定帝国每二十年组织专人进行一次检查，以保证现有法律条文适用于帝国的现状。
朝廷下层官吏们在处理事务时不能再随心所欲，因为皇帝努力让每一部法律都容易理解，易于执行，并且没有模糊的歧义，同时鼓励秀才们在学宫免费为人讲解法律条文，这后来成为了每个书院固定的公益活动之一。
孝宗对帝国的财政同样关注，她几乎和她的曾祖母一样精通经济。孝宗并未发布政令限制土地兼并，而是采用了更灵活的做法。她指使鸾仪司以皇家的名义大量购买土地并统一管理，设立皇农仓，这实际上成为了帝国的粮食储备机构。同时帝国鼓励无地的农民到边界之外去开垦土地，甚至出海，这种实际上的扩张行为的影响在孝宗统治的后期才显现出来。
按照帝国法律规定，皇家垄断了许多高档货物的销售权。孝宗大力发展海贸，