武英殿陷入沉默之后，吴应熊又开口说：“本丞相不是说道德不重要，我也希望大明人人都是君子，但这样的道德理想国，在现实中建立不起来，只会是地狱。一个肮脏的国家，如果人人讲规则而不是谈道德，最终会变成一个有人味儿的正常国家，道德自然会逐渐回归；反而是一个干净的国家，如果人人都不讲规则却大谈道德，要人人做君子，天天没事儿就谈道德规范，人人大公无私，最终这个国家，就会跟崇祯先朝一样，堕落成为一个伪君子遍布的肮脏国家。对普通老百姓和军士来说，每个人都要养家糊口，一睁眼都面对的是柴米油盐酱醋茶，追逐私利是人的本性，道德不是决定人的行为的关键，我们绝对不能把大明中兴的希望寄托在建立道德理想国上，道德不能当饭吃，不能当衣服穿，更不可能挡住满清的八旗铁骑，我们大明需要打击满清鞑虏的洋枪洋炮，需要扬帆海外的战船，需要开疆拓土扬我国威的虎狼之师。”
“丞相说得对！”马士英、阮大铖、还有武英殿在座的武将们，如刘良佐、黄得功、高杰等，都觉得吴应熊真是牛逼，平日里他们就被东林党人骂得都抬不起头来，觉得这些道德家很虚伪，但想回击都找不到词，吴应熊竟然能振振有词，说得句句很有道理，说得钱谦益等人满脸羞愧！
“日有所思夜有所梦。昨晚本丞相就做了一个梦。”吴应熊说：“我梦见江南人尽其才，物尽其用，国人美其服，甘其食，乐其居，万世太平由我们开启；我梦见大明国富民强，收复辽东，鞭执天下，万邦来朝！我梦见大明的坚船利炮，将祖宗之土北扩莫斯科，东到扶桑，西吞罗马！我的这些梦想，都不是满嘴仁义道德就能实现的。”
左都御史刘宗周很安静听完吴应熊的长篇大论，有点心灰意冷，觉得“道不同不相为谋”，他决定辞去官职归隐——刘宗周一直提倡“慎独”，原文出自《礼记》：“莫见乎隐，莫显乎微，故君子慎其独也。”大意是说即使在个人独处的时候，也能谨慎遵守道德规范，不逾矩，不越轨。比如程朱理学以为：“《大学》之道，一言以蔽之，日慎独而已矣。《大学》言慎独，《中庸》亦言慎独。慎独之外，别无学也。”
刘宗周的“慎独”是另辟蹊径的，已经提升到本体论高度：“独者，本心之谓，良知是也。”他将王阳明心学进行了修正，从而把“慎独”说成是最重要的修养方法：“独之外别无本体，慎独之外别无功夫”；“独即天命之性所藏精处，而慎独即尽性之学。”
“慎独”说是刘宗周的道德修养论，主要是针对当时的士风，希望通过内省的功夫来收拾人心，使人人向善，跻于道德之域，以解救“世道之祸”，这就是刘宗周的政治主张。
崇祯即位之初，即欲改弦更张，励精图治，刘宗周被起用为顺天府尹，上《面恩预矢责难之义以致君尧舜疏》，希望崇祯“超然远览，以尧舜之学，行尧舜之道”，崇祯认为这是迂阔之言。崇祯求治心急，人才、饷粮、流寇、边患等常萦绕在心，希望群臣能拿出一些行之有效的具体措施。刘宗周却认为这些都是刑名之术，近于功利，人主应以仁义为本。因议论不合，他只作了一年顺天府尹，就告病回乡讲学。
崇祯九年，朝廷诏升刘宗周为工部左侍郎，此时满洲已建国号为清，日益强大；明王朝内部农民起义已经如火如荼，江山已摇摇欲坠，崇祯求治的希望化为泡影。刘宗周却仍希望崇祯能先修德治心，亲近儒臣，认为这才是为治的根本。他向崇祯上《痛切时艰直陈转乱为治之机以仰纾宵旰疏》，向崇祯推销自己的“慎独”之学，崇祯帝当然不会感兴趣。崇祯急求向往的是如何打退清兵，平息内乱，如何筹集军饷，解决财政危机。刘宗周对他的所作所为加以批评，崇祯龙颜大怒，传谕内阁，想加以重处。后来他又想，刘宗周素有清名，不妨放他一马，乐得一个能容直言的名声，刘宗周才得以平安过关，再次告病求归。
崇祯十五年，刘宗周被重新起用为左都御史。尽管刘宗周不太情愿复出，但君命难违，他还是去了。入朝后，刘宗周多次上疏，请崇祯革除弊政，以摆脱国家的危机。在《敬循职掌条列风纪之要以佐圣治疏》中，他提出“建道撰”、“贞法守”、“崇国体”、“清伏奸”、“惩官邪”、“饬吏治”等策略。
在关于西洋传教士汤若望的争论中，刘宗周的主张更暴露出当时儒学已经缺乏应变能力。崇祯帝在万般无奈的情况下，打算用汤若望制造火器，希望利用西洋的先进技术，解决内忧外患问题。如果崇祯此举能顺利进行，也许中国可以从此由冷兵器时代进入火器时代，并由兵器制造业引发一场工业革命，甚至中国近四百年的历史都要重写。但是，刘宗周坚决反对重用汤若望，更坚决反对制造火器。他说：“臣闻用兵之道，太上汤武之仁义，其次桓文之节制，下此非所论矣。”“今日不待人而恃器，国威所以愈顿也。”“火器终无益于成败之数。”他把汤若望看成异端之人，请崇祯“放还本国，以永绝异端之根。”他坚持“仁义”说，反对革新兵器，更拒绝接纳西洋的天主教。
崇祯帝急于求治，刘宗周却说先治心，崇祯帝要求才望之士，刘宗周却说操守第一；崇祯帝访问退敌弭寇之术，刘宗周却说仁义为本。故