独孤整死了，被三支毒箭射死在独孤府百丈之外，当消息传出，在李唐朝野引起了轩然大波。李渊下旨将京兆尹于氏家方于筠革职查办，由兵部尚书赵孝慈接任，又令刑部、御史台和大理寺会审独孤整被刺杀的原因，此案由刑部牵头，三司各抽精干之士联合调查，限定十天查清凶手。
李渊又令太子李建成前去慰问独孤氏，以示自己对舅父的诚挚哀悼，追赠他为郑国公、加封上柱国，准许独孤氏以国公之礼厚葬独孤整。在收棺大殓之日，李渊卸下龙袍，以外甥这个私人身份下跪拜祭，可谓是关怀备至，赢得李唐朝野上下一片赞誉，皆赞李渊皇恩浩荡、仁义至孝。
五天后，刑部拿出了比较详实的调查方案，并指出独孤整极有可能是被李密谋杀，理由有三：一是射中独孤整之冷箭是榆木制成，这是李密内军的专门箭杆；第二个理由是在案发前一天，有三名南方口音的男子在凌云酒坊要了一间客房，并询问独孤府所在，然后有人看到他们在独孤府附近徘徊了很久，案发之后，他们再也没有回到凌云酒坊，他们离开得比较匆忙，连行李都没有回来取，他们的衣服料子产自江南。
第三个理由在一旁，似乎想说什么，却又因为顾虑到旁边在外人在，不好说出口，只能耐心的等待着。
“圣上也不用太过着急，我们本来就危机四伏，现在只是危机真正降临了而已，其实真实的处境和之前区别不大，只要我们借助山川之便，应对得当，依旧可以坚持得下去。”
陈叔达一边安慰李渊，一边用木杆指着木架上的地图，沉声解释道：“目前我们在汉水防线投入了十二万军队，包括襄阳、夷陵的新兵在内，荆襄计有二十二万之多；在清化、义城、武都、宕昌、同昌各有一万；蜀郡的两万新兵和通川、巴西、普安、平武、汶山各郡的五千郡兵，是巴蜀的第二道防线，以及后援。加上襄阳两万元从禁军、两万新军、一万武川卒，共有大军三十八万左右，这就是我大唐的全部兵力。”
“隋军现在虽然大举来犯，一时之间虽然有些出人意料，却也在我们的意料之中，只是来得太过突然，让我们慌了手脚。但巴蜀山川险峻，隋军一时也攻不下来，我们可以将通川和巴西的郡兵支援清化、普安支援义城、普安和平安支援武都、汶山支援宕昌，蜀郡的两万新兵则移到巴西郡，随时支援出现破绽的防线，这样虽然使这六郡没有驻军，但只要外围防线在手，隋军也飞不过来。”
“其实我军如果防守得力，不仅可以稳住局势、以战练兵，甚至还可以借助山川地利之便歼灭一部分主战隋军，战事拖得越久，隋军的兵力、士气、作战意志消耗越大。反观我军，则是士气越高、慢慢向精锐之师蜕变。我大唐只有隋朝一个敌人，而杨侗还有李密、林士弘等敌人，要是隋军在某处战场出现重大失误，各路诸侯不用我大唐联络，便会不约而同的反攻，虽不至于让隋军全线溃败，但是对于我们来说，至少获得了宝贵的喘息时间，军队也在战斗中得到成长。接下来拼的就是韧劲和国力了。”
“今之杨侗，宛若气势如虎、睥睨天下的曹操，可后来屡屡被东吴、蜀汉反攻，赤壁之战的损失惨重是一个原因，另一个原因是曹魏上下杀伐半生，这股气势一泄，便沉浸于安乐之中，失去了以往奋进之志。反观生活在曹魏的威压之下的蜀汉、东吴，他们总是有一股焦虑感，总是拼命驱赶自己走向强盛，气势和争胜之心在此消彼长之下，反攻之事自然也就越来越多。”见李渊面色苍白，害怕之极，陈叔达便拿三国之事前来安慰。
刘文静也说道：“巴蜀易守难攻，只须派遣善战之将居中调度即可无碍，而身为大唐核心所在的荆襄才是重中之重，微臣以为他们是要把巴蜀之军拖在巴蜀，无法支援荆襄，不过我们虽然不能调巴蜀大军，但是晋王在夷陵的七万大军，至少有五万人可以随时调动，这五万军不管是投向巴蜀也罢、投向荆襄也好，甚至还能以围魏救赵之策反攻南郡，在舂陵军的掩护之下，占领沔阳、江夏、永安、安陆、义阳和汉东等郡。所以微臣再三劝说圣上在夷陵组建第二道防线，原因就在于此。”
如果说陈叔达的话给了李渊一点安慰，那么刘文静的反攻设想，却让李渊心生厌恶，他猛然起身，怒道：“疆土丢了，至少还有军队，军队丢了，一了百了。五万新兵能占领南郡、沔阳、江夏、永安、安陆、义阳和汉东？这简直是天大的笑话，朕也打仗过，不是不知兵事的蠢货。”
刘文静吓得不敢再发言，归根到底，还是皇帝让杨侗打怕了，已经失去进取之心，现在不但不敢打，甚至挑战杨侗的底线都不敢。
李渊似乎到自己的语气不好，叹息了一声，缓缓的说道：“朕也想扩军百万、也想反攻，恨不得明天就可以收复关中、收复并州，打到洛阳…但是我们没有钱粮、没有人口…朕能怎么办？现在我们只能稳住一阵子，把军队训练强大了再说反攻之事。”
他见李元吉向自己不断的使眼色，顿时脸一沉道：“有话直说，是否合理朕会做主！”
李元吉上前一步，道：“父皇，荆襄和巴蜀并非没有人口，并非没有兵源，关键是看父皇能不能下决心。”
李渊皱眉道：“哪来的兵源、人口？”
李元吉恭恭敬敬的说道：“父皇，